三月，以导为前锋多数督，加戴渊骠骑将军。诏曰：“导以大义灭亲，能够吾为安东时节假之。”以周顗为尚书左仆射，王邃为右仆射。帝遣王弇往谕止敦；敦不从而留之，弇更加敦用。征虏将军周札，素矜险好利，帝觉得右将军、都督石头诸军事。敦将至，帝使刘隗军金城，札守石头，帝亲被甲徇师于郊野。以甘卓为镇南大将军、侍中、都督荆、梁二州诸军事，陶侃领江州刺史；使各帅所统以蹑敦后。
敦遣从母弟南蛮校尉魏乿、将军李恒帅甲卒二万攻长沙。长沙城池不完，资储又阙，情面震恐。或说谯王承，南投陶侃或退据零、桂。承曰：“吾之起兵，志欲死于忠义，岂可贪生苟免，为奔败之将乎！事之不济，令百姓知吾心耳。”乃婴城恪守。未几，虞望战死，甘卓欲留邓骞为参军，骞不成。卓乃遣参军虞冲与骞偕至长沙，遗谯王承书，劝之恪守，当以兵出沔口，断敦归路，则湘围自解。承答信称：“江左复兴，草初创尔，岂图恶逆萌自宠臣！吾以宗室受任，志在陨命；而至止尚浅，凡百茫然。足下能卷甲电赴，犹有所及；若其猜疑，则求我于枯鱼之肆矣。”卓不能从。
中宗元天子下
敦至石头，欲攻刘隗。杜弘言于敦曰：“刘隗死士浩繁，未易可克，不如攻石头。周札少恩，兵不为用，攻之必败，札败则隗自走矣。”敦从之，以弘为前锋，攻石头，札果开门纳弘。敦据石头。叹曰：“吾不复得为大德事矣！”谢鲲曰：“何为其然也！但使自今过去，日忘日去耳。”
敦既与朝廷乖离，乃羁录朝士偶然望者，置己幕府，以羊曼及陈国谢鲲为长史。曼，祜之兄孙也。曼、鲲整天酣醉，故敦不委以事。敦将反叛，谓鲲曰：“刘隗奸邪，将危社稷，吾欲除君侧之恶，何如？”鲲曰：“隗诚始祸，然城狐社鼠。”敦怒曰：“君干才，岂达大抵！”出为豫章太守，又留不遣。
敦以太子有勇略，为朝野所向，欲诬以不孝而废之。大会百官，问温峤曰：“皇太子以何德称？”声色俱厉。峤曰：“钩深致远，盖非浅局所量。以礼观之，可谓孝矣。”众皆觉得信然，敦谋遂沮。
司空导帅其从弟中领军邃、左卫将军弇、侍中侃、彬及诸宗族二十馀人，每旦诣台待罪。周顗将入，导呼之曰：“伯仁，以百口累卿！”顗直入不顾。既见帝，言导虔诚，申救乃至；帝纳其言。顗喜喝酒，至醉而出，导犹在门，又呼之。顗不与言，顾摆布曰：“本年杀诸贼奴，取金印如斗大，系肘后。”既出，又上表白导无罪，言甚切至。导不之知，甚恨之。
休屠王石武以桑城降赵，赵以武为秦州刺史，封酒泉王。
帝召周顗于广室，谓之曰：“克日大事，二宫无恙，诸人安然，大将军固副所望邪？”顗曰：“二宫自如明诏，臣等尚未可知。”护军长史郝嘏等劝顗避敦，顗曰：“吾备位大臣，朝廷丧败，宁肯复草间求活，外投胡、越邪！敦参军吕猗，尝为台郎，性奸谄，戴渊为尚书，恶之。猗说敦曰：周顗、戴渊，皆有高名，足以惑众，近者之言，曾无怍色，公不除之，恐必有再举之忧。”敦素忌二人之才，心颇然之，安闲问王导曰：“周、戴南北之望，当登三司无疑也。”导不答。又曰：“若不三司，止应令仆邪？”又不答。敦曰：“若不尔，合法诛尔！”又不答。丙子，敦遣部将陈郡邓岳收顗及渊。先是，敦谓谢鲲曰：“吾当以周伯仁为尚书令，戴若思为仆射。”是日，又问鲲：“迩来情面何如？”鲲曰：“明公之举，虽欲大存社稷，然悠悠之言，实未达高义。若果能举用周、戴，则群情贴然矣！”敦怒曰：“君细致邪！二子不相称，吾已收之矣！鲲惊诧自失。参军王峤曰：‘济济多士，文王以宁。’何如戮诸名流！”敦大怒，欲斩峤，众莫敢言。鲲曰：明公举大事，不戮一人。峤以献替忤旨，便以衅鼓，不亦过乎！敦乃释之，黜为领军长史。峤，浑之族孙也。