有诏：“王敦法纪除名，参佐监禁”温峤上疏曰：“王敦刚愎不仁，忍行殛毙，朝廷所不能制，骨肉所不能谏；处其朝者，恒惧危亡，故交士结舌，门路以目，诚贤人君子道穷数尽，遵养时晦之辰也。原其私心，岂遑晏处！如陆玩、刘胤、郭璞之徒常与臣言，备知之矣。必其赞导凶悖，自当正以典刑；如其枉陷奸党，谓宜施之宽贷。臣以玩等之诚，闻于圣听，当受同贼之责；苟默而不言，实负其心，惟陛下仁圣裁之！”郗鉴觉得先王立君臣之教，贵于伏节死义。王敦佐吏，虽多逼迫，然进不能止其逆谋，退不能脱身远遁，准之前训，宜加义责。帝卒从峤议。
或觉得“王含、钱凤众力百倍，苑城小而不固，宜及军势未成，台端自出拒战”。郗鉴曰：“群逆纵逸，势不成当，能够谋屈，难以力竞。且含等号令不一，抄盗相寻，吏民惩往年暴掠，皆人自为守。乘逆顺之势，何忧不克！且贼无经略远图，惟恃豕突一战；旷日耐久，必启义士之心，令智力得展。今以此弱力敌彼强寇，决胜负于一朝，定成败于呼吸。万一蹉跌，虽有申胥之徒，义存投袂，何补于既往哉！”帝乃止。
冬，十月，以司徒导为太保、领司徒，加殊礼，西阳王羕领太尉，应詹为江州刺史，刘遐为徐州刺史，代王邃镇淮阴，苏峻为历阳内史，加庾亮护军将军，温峤前将军。导固辞不受。应詹至江州，吏民未安，詹抚而怀之，莫不悦服。
敦闻含败，大怒曰：“我兄，老婢耳！流派衰。世事去矣！”顾谓参军吕宝曰：“我当力行。”。因作势而起，困乏，复卧，乃谓其舅少府羊鉴及王应曰：“我死，应便即位，先立朝廷百官，然后营葬事。”敦寻卒，应秘不发丧，裹尸以席，蜡涂其外，埋于厅事中，与诸葛瑶等日夜纵酒淫乐。
石生寇许、颍，俘获万计；攻郭诵于阳翟，诵与战，大破之，生退守康城。后赵汲郡内史石聪闻生败，驰救之，打击司州刺史李矩、颍川太守郭默，皆破之。
司州刺史石生击赵河南太守尹平于新安，斩之，掠五千馀户而归。自是二赵构隙，日相攻掠，河东、弘农之间，民不聊生矣。
沈充帅众万馀人与王含军合，司马顾飏说充曰：“今举大事，而天子已扼其咽喉，锋摧气沮，相持日久，必致祸败。今若决破栅塘，因湖水以灌京邑，乘水势，纵舟师以攻之，此上策也；藉初至之锐，并东、西军之力，十道俱进，众寡过倍，理必摧陷，中策也；转祸为福，召钱凤计事，因斩之以降，下策也。”充皆不能用，飏逃归于吴。
有司发王敦瘗，出尸，焚其衣冠，跽而斩之。与沈充首同悬于南桁。郗鉴言于帝曰：“前朝诛杨骏等，皆先极官刑，后听私殡。臣觉得王诛加于上，私义行于下，宜听敦家收葬，于义为弘。”帝许之。司徒导等皆以讨敦功受封赏。
夏，蒲月，甲申，张茂疾病，执世子骏手泣曰：“吾家世以孝友忠顺著称，今虽天下大乱，汝阿谀之，不成失也。”且命令曰：“吾官非王命，苟以集事，岂敢荣之！死之日，当以白帢入棺，勿以朝服敛。”是日，薨。愍帝使者史淑在姑臧，左长史汜祎、右长史马谟等使淑拜骏大将军、凉州牧、西平公，赦其境内。前赵主曜遣使赠茂太宰，谥曰成烈王。拜骏上大将军、凉州牧、凉王。