自帝即位以来，表里乖异，石头以南皆为荆、江所据，以西皆豫州所专，京口及江北皆刘牢之及广陵不异雅之所制，朝廷所行，惟三吴罢了。及孙恩反叛，八郡皆为恩有，畿内诸县，盗贼到处蜂起，恩党亦有暗藏在建康者，情面危惧。常虑窃发，因而表里戒严。加道子黄钺，元为领中军将军，命徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事以讨恩；刘牢之亦出兵讨恩，拜表辄行。
隆安三年己亥，公元三三九年春，正月，辛酉，大赦。
燕主宝之败也，中书令、民部尚书封懿降于魏。珪以懿为给事黄门侍郎、都坐大官。珪问懿以燕氏旧事，懿应对疏慢，亦坐废于家。
壬午，燕右将军张真、城门校尉和翰坐谋反诛。
西秦丞相南川宣公出连乞都卒。
武威王乌孤徙治乐都，以其弟西平公利鹿孤镇安夷，广武公傉檀镇西平，叔父素渥镇湟河，若留镇浇河，从弟替引镇岭南，洛回镇廉川，从叔吐若留镇浩亹；夷、夏豪杰，随才授任，内居显位，外典郡县，咸得其宜。
初，彭城刘裕，生而母死，父翘侨居京口，家贫，将弃之。同郡刘怀敬之母，裕之从母也，生怀敬未期，走往救之，断怀敬乳而乳之。及长，勇健有弘愿。仅识笔墨，以卖履为业，好樗蒲，为乡闾所贱。刘牢之击孙恩，引裕参军事，使将数十人觇贼。遇贼数千人，即迎击之，从者皆死，裕坠岸下。贼临岸欲下，裕奋长刀仰斫杀数人，乃得登岸，仍大喊逐之，贼皆走，裕所杀伤甚众。刘敬宣怪裕久不返，引兵寻之，见裕独驱数千人，咸共感喟。因进击贼，大破之，斩获千馀人。
甲午，燕大赦。
夏，四月，鲜卑叠掘河内帅户五千降于西秦。西秦王乾归以河内为叠掘都统，以宗女妻之。
南燕右卫将军慕容云斩李辨，帅将士家眷二万馀口出滑台赴德。德欲攻滑台，韩范曰：“向也魏为客，吾为仆人；今也吾为客，魏为仆人。民气危惧，不成复战，不如先据一方，自主根基，乃图进取。”张华曰：“彭城，楚之旧都，可攻而据之。”北地王钟等皆劝德攻滑台。尚书潘聪曰：“滑台四通八达之地，北有魏，南有晋，西有秦，居之何尝一日安也。彭城土旷人稀，平夷无险，且晋之旧镇，未易可取。又密迩江、淮，夏秋多水。乘舟而战者，吴之所长，我之所短也。青州沃野二千里，精兵十馀万，左有负海之饶，右有江山之固，广固城曹嶷所筑，地形阻峻，足为帝王之都。三齐英杰，思得明主以建功于世久矣。辟闾浑昔为燕臣，今宜遣辨士驰说于前，大兵继踵于后，若其不平，取之如拾芥耳。既得其地，然后闭关养锐，伺隙而动，此乃陛下之关中、河内也。”德踌躇未决。沙门竺朗素善占候，德使牙门苏抚问之，朗曰：“敬览三策，潘尚书之议，兴邦之言也。且今岁之初，彗星起奎、娄，扫虚、危；彗者，除旧布新之象，奎、娄为鲁，虚、危为齐。宜先取兖州，巡抚琅邪，至秋乃北徇齐地，此天道也。”抚又密问以年世，朗以《周易》筮之曰：“燕衰庚戌，年则一纪，世则及子。”抚还报德，德乃引师而南，兖州北鄙诸郡县皆降之。德置守宰以抚之，禁军士无得虏掠。百姓大悦，牛酒属路。
珪围中山，久未下，军食乏，问计于群臣。逞为御史中丞，对曰：“桑椹能够佐粮。飞鸮食椹而改音，墨客所称也。”珪虽用其言，听民以椹当租，然以逞为轻渎，心衔之。秦人寇襄阳，雍州刺史郗恢以书求救于魏常山王遵曰：“览兄虎步中原。”珪以恢无君臣之礼，命衮及逞为答信，必贬其主。兖、逞谓帝为贵主，珪怒曰：“命汝贬之，而谓之‘贵主’，何如‘贤兄’也！”逞之降魏也，以天下方乱，恐我复遗种，使其妻张氏与四子留冀州，逞独与季子赜诣平城，所留老婆遂奔南燕。珪并以是责逞，赐逞死。卢溥受燕爵命，侵掠魏郡县，杀魏幽州刺史封沓干。珪谓衮所举皆非其人，黜衮为尚书令史。衮乃阖门不通人事，惟手校经籍，岁馀而终。