刘牢之素恶骠骑大将军元显，恐桓玄既灭，元显益娇纵，又恐己功名愈盛，不为元显所容，且自恃材武，拥强兵，欲假玄以除在朝，复伺玄之隙而自取之，故不肯讨玄。元显日夜昏酣，以牢之为前锋。牢之骤诣门，不得见，及帝出饯元显，遇之公坐罢了。
姑臧大饥，米斗直钱五千，人相食，饥死者十馀万口。城门昼闭，樵采路绝，民请出城为胡虏奴婢者，日稀有百，吕隆恶其沮动众心，尽坑之，积尸盈路。沮渠蒙逊引兵攻姑臧，隆遣使求救于河西王利鹿孤，利鹿孤遣广武公傉檀帅骑一万救之，未至，隆击破蒙逊军，蒙逊请与隆盟，留谷万馀斛遣之而还。傉檀至昌松，闻蒙逊已退，乃徙泽段冢民五百馀户而还。
玄自谓有晋国三分之二，数令人上己符瑞，欲以惑众；又致笺于会稽霸道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔国宝身后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠。今之贵要腹心，偶然流清望者谁乎？岂可云无佳胜！直是不能信之耳！尔来一朝一夕，遂成本日之祸。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在远，是以披写究竟。”元显见之，大惧。
乙卯，魏虎威将军宿沓干伐燕，攻令支；乙丑，燕中领军宇文拔救之。壬午，宿沓干拔令支而戍之。
元兴元年壬寅，公元四零二年春，正月，庚午朔，下诏罪行桓玄，以尚书令元显为骠骑大将军、征讨多数督、都督十八州诸军事，加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，表里戒严；加会稽霸道子太傅。