元兴元年壬寅，公元四零二年春，正月，庚午朔，下诏罪行桓玄，以尚书令元显为骠骑大将军、征讨多数督、都督十八州诸军事，加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，表里戒严；加会稽霸道子太傅。
桓玄表其兄伟为江州刺史，镇夏口；司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇襄阳；遣其将皇甫敷、冯该戍湓口。移沮、漳蛮二千户于江南，立武宁郡；更调集流民，立绥安郡。诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。
张法顺言于元显曰：“桓谦兄弟每为上流耳目，宜斩之以杜奸谋。且事之济不，系在前军，而牢之反覆，万一有变，则祸败立至。可令牢之杀谦兄弟以示无二心，若不受命，当逆为其所。”元显曰：“今非牢之，无以知玄；且始事而诛大将，情面不安。”再三不成。又以桓氏世为荆土所附，桓冲特有遗惠，而谦，冲之子也，乃自骠骑司马除都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，欲以结西人之心。
东土遭孙恩之乱，因以饥荒，漕运不继。桓玄禁断江路，商旅俱绝，公私匮乏，以粰、橡给士卒。玄谓朝廷方多忧虞，必未暇讨己，能够蓄力观衅。及雄师将发，从兄太傅长史石生密以书报之。玄大惊，欲完聚保江陵。长史卞范之曰：“明公英威振于远近，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若兵邻近畿，示以祸福，土崩之势可翘足而待，何有延敌出境，自取穷蹙者乎！”玄从之，留桓伟守江陵，抗表传檄，罪行元显，举兵东下。檄至，元显大惧。仲春，丙午，帝饯元显于西池，元显下船而不发。
丁卯，玄至姑孰，使共将冯该等攻历阳，襄城太守司马休之婴城恪守。玄军断洞浦，焚豫州舟舰。豫州刺史谯王尚之帅步兵九千阵于浦上，遣武都太守杨秋屯横江，秋降于玄军。尚之众溃，逃于涂中，玄捕获之。司马休之出战而败，弃城走。
乙卯，魏虎威将军宿沓干伐燕，攻令支；乙丑，燕中领军宇文拔救之。壬午，宿沓干拔令支而戍之。
戊子，魏材官将国和突攻黜弗、素古延等诸部，破之。初，魏主珪遣北部大人贺狄干献马千匹求昏于秦，秦王兴闻珪已立慕容后，止狄干而绝其昏；没弈干、黜弗、素古延，皆秦之属国也，而魏攻之，由是秦、魏有隙。庚寅，珪大阅士马，命并州诸郡积谷于平阳之乾壁，以备秦。
玄自谓有晋国三分之二，数令人上己符瑞，欲以惑众；又致笺于会稽霸道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔国宝身后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠。今之贵要腹心，偶然流清望者谁乎？岂可云无佳胜！直是不能信之耳！尔来一朝一夕，遂成本日之祸。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在远，是以披写究竟。”元显见之，大惧。
元显欲尽诛诸桓。中护军桓修，骠骑长史王诞之甥也，诞有宠于元显，因陈修等与玄志趣分歧，元显乃止。诞，导之曾孙也。
丁丑，燕慕容拔攻魏令支戍，克之，宿沓干走，执魏辽西太守那颉。燕以拔为幽州刺史，镇令支，以中坚将军辽西阳豪为本郡太守。丁亥，以章武公渊为尚书令，博陵公虔为尚书左仆射，尚书王腾为右仆射。