刘裕与何无忌同舟还京口，暗害兴复晋室。刘迈弟毅家于京口，亦与无忌谋讨玄。无忌曰：“桓氏强大，其可图乎？”毅曰：“天下自有强弱，苟为失道，虽强易弱，正患事主可贵耳。”无忌曰：“天下草泽当中非无豪杰也。”毅曰：“所见唯有刘下邳。”无忌笑而不答，还以告裕，遂与毅定谋。
司隶校尉慕容达谋反，遣牙门皇璯帅众攻端门，殿中帅侯赤眉开门应之；中黄门孙进扶备德逾城匿于进舍。段宏等闻宫中有变，勒兵屯四门。备德入宫，诛赤眉等。达出走魏。
戊申，燕王熙尊燕主垂之贵嫔段氏为皇太后。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻贵嫔为皇后，大赦。
南燕主备德故吏赵融自长安来，始得母兄凶问，备德号恸吐血，因此寝疾。
刘裕从徐、兖二州刺史，安成王桓修入朝。玄谓王谧曰：“裕风骨不常，盖人杰也。”每游集，必引接殷勤，赠赐甚厚。玄后刘氏，有智鉴，谓玄曰：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。”玄曰：“我方平荡中原，非裕莫可用者；俟关、河安定，然后别议之耳。”
备德优迁徙之民，使之长复不役；民缘此迭相荫冒，或百室合户，或千丁共籍，以避课役。尚书韩讠卓请加隐核，备德从之，使讠卓巡行郡县，得荫户五万八千。
诏楚王玄行天子礼乐，妃为王后，世子为太子。丁丑，卞范之为禅诏，使临川王宝逼帝书之。宝，晞之曾孙也。庚辰，帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。壬午，帝出居永安宫。癸未，迁太庆神主于琅邪国，穆章何皇后及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官诣姑孰劝进。十仲春，庚寅朔，玄筑坛于九井山北，壬辰，即天子位。册文多非溥晋室，或谏之，玄曰：“揖让之文，正可陈之于下民耳，岂可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固县封帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王遵为彭泽县候。追尊文温为宣武天子，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封子昻为豫章王。以会稽内史王愉为尚书仆射，愉子相国左长史绥为中书令。绥，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宫，登御坐，而床忽陷，群下失容。殷仲文曰：“将由圣德深厚，地不能载。”玄大悦。梁王珍之男臣孔朴奉珍之奔寿阳。珍之，晞之曾孙也。
玄月，魏主珪如南平城，规度南，将建新都。
晋纪三十五（起昭阳单阏，尽阏逢执徐，凡二年）
众推刘裕为盟，总督徐州事，以孟昶为长史，守京口，檀凭之为司马。彭城人应募者，裕悉使郡主簿刘钟统之。丁巳，裕帅二州之众千七百人，军于竹里，移檄远近，声言益州刺史毛璩已定荆楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正于寻阳，镇北参军王元德等并帅部曲保据石头，扬武将军诸葛长尼已据历阳。
安天子戊
乙卯，裕托以游猎，与无忌收合徒众，得百馀人。丙辰，诘旦，京口城开，无忌著传诏服，称敕使，居前，徒众随之齐入，即斩桓修以徇。修司马刁弘帅文武佐吏来赴，裕登城谓之曰：“郭江州已奉乘舆返正于寻阳，我等并被密诏，诛除逆党，本日贼玄之首已当枭枭于大航矣。诸君非大晋之臣乎？今来欲何为？”弘等信之，收众而退。
元兴三年甲辰，公元四零四年春，正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏，乔之曾孙也。玄以其祖彝以上名位不显，不复追尊立庙。散骑常侍徐广曰：“敬其父则子悦，请依故事立七庙。”玄曰：“礼，太祖东向，左昭右穆。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足法也！”秘书监卞承之谓广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣。”广，邈之弟也。