裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕于顿时抱方回与仲德对哭。追赠元德给事中，以仲德为中军参军。裕止桓谦故营，遣刘钟据东府。庚申，裕屯石头城，立留台百官，焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，纳于太庙。遣诸将追玄，尚书王嘏帅百官奉迎乘舆，诛玄宗族在建康者。裕使臧熹入宫，收图书、器物，封闭府库；有金饰乐器，裕问熹：“卿得无欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，劬劳王家，虽复不肖，实无情于乐。”裕笑曰：“聊以戏卿耳。”熹，焘之弟也。
玄闻二将死，大惧，召诸道术人推算及为厌胜。问群臣曰：“朕其败乎？”吏部郎曹靖之对曰：“民怨神怒，臣实惧焉。”玄曰：“民或可怨，神何为怒？”对曰：“晋氏宗庙，流散江滨，大楚之祭，上不及祖，此其以是怒也。”玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上君子皆觉得尧、舜之世，臣何敢言！”玄沉默。使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中、后将军卞范之屯覆舟山西，众合二万。
初，裕名微位薄，轻狡无行，盛流皆不与相知，惟王谧独奇贵之，谓裕曰：“卿当为一代豪杰。”裕尝与刁逵樗蒲，不时输直，逵缚之马枊。谧见之，责逵而释之，代之还直。由是裕深憾逵而德谧。
壬戌，玄司徒王谧与众议推裕领扬州，裕固辞，乃以谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，谧推裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
玄移还上宫，召侍官皆入止省中；加扬州刺史新安王桓谦征讨都督，以殷仲文代桓修为徐、兖二州刺史。谦等请亟遣兵击裕，玄曰：“彼兵锐甚，计出万死，如有蹉跌，则彼气成而吾事去矣；不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所得，锐气已挫，忽见雄师，必惊诧；我按兵坚阵，勿与比武，彼求战不得，天然散走，此策之上也。”谦等固请击之，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷接踵北上。玄恐忧特甚。或谓：“裕等乌合微小，必将无成，陛下何虑之深！”玄曰：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅；共举大事，何谓无成！”
夏，四月，己丑，武陵王遵入居东宫，表里毕敬；迁除百官称制书，教称令书。以司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
南凉王傉檀畏秦之强，乃客岁号，罢尚书丞郎官，遣参军关尚使于秦。秦王兴曰：“车骑献款称藩，而擅发兵造大城，岂为臣之道乎？”尚曰：“王公设险以守其国，先王之制也。车骑僻在遐藩，密迩勍寇，盖为国度重门之防，不图陛下忽觉得嫌。”兴善之。傉檀求领凉州，兴不准。
己未，裕军食毕，悉弃其馀粮，进至覆舟山东，使孱羸登山，张旗号为疑兵，数道并前，充满山谷。玄侦候者还，云“裕军四塞，不知多少。”玄益忧恐，遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有斗志。裕与刘毅平分为数队，进突谦陈；裕以身先之，将士皆决死战，无不一当百，呼声动六合。时东北风急，因放火焚之，烟炎慻天，鼓噪之音震惊京邑，谦等诸军大溃。