尚书左仆射王愉及子荆州刺史绥谋袭裕，事泄，族诛，绥弟子慧龙为僧彬所匿，得免。
裕始至建康，诸大处罚皆委于刘穆之，匆促立定，无不允惬。裕遂托以腹心，动止咨焉；穆之亦竭节尽诚，无所遣隐。时晋政宽驰，法纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，重以司马元显政令违舛。桓玄虽欲厘整，而科条繁密，众莫之从。穆之考虑时宜，随方改正；裕以身范物，先以威禁；表里百官皆寂然奉职，不盈旬日，民风顿改。
萧方等曰：夫蛟龙暗藏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安能够布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，醻恩抱怨，何其狭哉！
初，袁真杀朱宪，宪弟绰逃奔桓温。温克寿阳，绰辄发真棺，戮其尸。温怒，将杀之，桓冲请而免之。绰事冲如父，冲薨，绰呕血而卒。刘裕克京口，以绰子龄石为建武参军。三月，戊午朔，裕军与吴甫之遇于江乘。将战，龄石言于裕曰：“龄石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在军后。”裕义而许之。甫之，玄骁将也，其兵甚锐。裕手执长刀，大喊以冲之，众皆披靡，即斩甫之，进至罗落桥。皇甫敷帅数千人逆战，宁远将军檀赁之败死。裕进战弥厉，敷围之数重，裕倚大树挺战。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟将刺之，裕横眉叱之，敷辟易。裕党俄至，射敷中额而踣，裕援刀直进。敷曰：“君有天命，以子孙为托。”裕斩之，厚抚其孤。裕以檀凭之所领兵配参军檀祗。祗，凭之之从子也。
桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。
丁卯，刘裕迁镇东府。
桓玄至寻阳，郭昶之给其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，刘毅帅何无忌、刘道规等诸军追之。玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。玄于道自作《起居注》，叙讨刘裕事，自谓经略举无遗策，诸军违节度，乃至奔败。专沉思著作，不暇与群下议时势。《起居注》既成，宣示远近。
壬戌，玄司徒王谧与众议推裕领扬州，裕固辞，乃以谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，谧推裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
丙戌，刘裕称受帝密诏，以武陵王遵承制总百官行事，加侍中、大将军，因大赦，惟桓玄一族不宥。
魏以中土冷落，诏县户不满百者罢之。
玄时虽遣军拒裕，而走意已决，潜使领军将军殷仲文具舟于石头；闻谦等败，帅亲信数千人，声言赴战，遂将其子昻，兄子浚出南掖门。遇前相国参军胡藩，执马鞚谏曰：“今羽林弓手犹有八百，皆是义战，西人受累世之恩，不驱令一战，一旦舍此，欲安之乎！”玄不对，但举策指天，因鞭马而走，西趋石头，与仲文等浮江南走。经日不食，摆布进粗饭，玄咽不能下，昻抱其胸而抚之，玄悲不自胜。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕于顿时抱方回与仲德对哭。追赠元德给事中，以仲德为中军参军。裕止桓谦