初，王谧为玄佐命元臣，玄之受禅，谧手解帝玺绶；乃玄败，众谓谧宜诛，刘裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶地点。谧内不自安，逃奔曲阿。裕笺白武陵王，迎还复位。
初，袁真杀朱宪，宪弟绰逃奔桓温。温克寿阳，绰辄发真棺，戮其尸。温怒，将杀之，桓冲请而免之。绰事冲如父，冲薨，绰呕血而卒。刘裕克京口，以绰子龄石为建武参军。三月，戊午朔，裕军与吴甫之遇于江乘。将战，龄石言于裕曰：“龄石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在军后。”裕义而许之。甫之，玄骁将也，其兵甚锐。裕手执长刀，大喊以冲之，众皆披靡，即斩甫之，进至罗落桥。皇甫敷帅数千人逆战，宁远将军檀赁之败死。裕进战弥厉，敷围之数重，裕倚大树挺战。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟将刺之，裕横眉叱之，敷辟易。裕党俄至，射敷中额而踣，裕援刀直进。敷曰：“君有天命，以子孙为托。”裕斩之，厚抚其孤。裕以檀凭之所领兵配参军檀祗。祗，凭之之从子也。
刘敬宣、高雅之结青州大姓及鲜卑豪帅，行刺南燕主备德，推司马休之为主。备德以刘轨为司空，甚宠任之。雅之欲邀轨同谋，敬宣曰：“刘公朽迈，有安齐之志，不成告也。”雅之卒告之，轨不从。谋颇泄，敬宣等南走，南燕人收轨，杀之，追及雅之，又杀之。敬宣、休之至淮、泗间，闻桓玄败，遂来归，刘裕以敬宣为晋陵太守。
玄时虽遣军拒裕，而走意已决，潜使领军将军殷仲文具舟于石头；闻谦等败，帅亲信数千人，声言赴战，遂将其子昻，兄子浚出南掖门。遇前相国参军胡藩，执马鞚谏曰：“今羽林弓手犹有八百，皆是义战，西人受累世之恩，不驱令一战，一旦舍此，欲安之乎！”玄不对，但举策指天，因鞭马而走，西趋石头，与仲文等浮江南走。经日不食，摆布进粗饭，玄咽不能下，昻抱其胸而抚之，玄悲不自胜。
桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。
南燕主备德闻桓玄败，命北地王钟等将兵欲取江南，会备德有疾而止。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕于顿时抱方回与仲德对哭。追赠元德给事中，以仲德为中军参军。裕止桓谦故营，遣刘钟据东府。庚申，裕屯石头城，立留台百官，焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，纳于太庙。遣诸将追玄，尚书王嘏帅百官奉迎乘舆，诛玄宗族在建康者。裕使臧熹入宫，收图书、器物，封闭府库；有金饰乐器，裕问熹：“卿得无欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，劬劳王家，虽复不肖，实无情于乐。”裕笑曰：“聊以戏卿耳。”熹，焘之弟也。
初，诸葛长民至豫州，负约，不得发。刁逵执长民，槛车送桓玄。至当利而玄败，送人共破槛出长民，还趣历阳。逵弃城走，为其下所执，斩于石头，子侄无少长皆死，唯赦其季弟给事中骋。逵故吏匿其弟子雍送洛阳，秦王兴觉得太子中庶子。裕以魏咏之为豫州刺史，镇历阳，诸葛长民为宣城内史。
南凉王傉檀畏秦之强，乃客岁号，罢尚书丞郎官，遣参军关尚使于秦。秦王兴曰：“车骑献款称藩，而擅发兵造大城，岂为臣之道乎？”尚曰：“王公设险以守其国，先王之制也。车骑僻在遐藩，密迩勍寇，盖为国度重门之防，不图陛下忽觉得嫌。”兴善之。傉檀求领凉州，兴不准。
魏以中土冷落，诏县户不满百者罢之。
己未，裕军食毕，悉弃其馀粮，进至覆舟山东，使孱羸登山，张旗号为疑兵，数道并前，充满山谷。玄侦候者还，云“裕军四塞，不知多少。”玄益忧恐，遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有斗志。裕与刘毅平分为数队，进突谦陈；裕以身先之，将士皆决死战，无不一当百，呼声动六合。时东北风急，因放火焚之，烟炎慻天，鼓噪之音震惊京邑，谦等诸军大溃。