突厥步迦可汗所部大乱，铁勒仆骨等十余部，皆叛步迦降于启民。步迦众溃，西奔吐谷浑；长孙晟送启民置碛口，启民因而尽有步迦之众。
上令上仪同三司萧吉为皇后择葬地，得吉处，云：“卜年二千，卜世二百。”上曰：“休咎由人，不在于地。高纬葬父，岂不卜乎！俄而国亡。正如我家墓田，若云不吉，朕不当为天子；若云不凶，我弟不当战没。”然竟从吉言。吉退，告族人萧平仲曰：“皇太子遣宇文左率深谢余云：‘公前称我当为太子，竟有其验，终不忘也。今卜山陵，务令我早立。我立以后，当以繁华相报。’吾语之曰：‘后四载，太子御天下。’若太子得政，隋其亡乎！吾前绐云‘卜年二千’者，三十字也；‘卜世二百’者，取世二传也。汝其识之！”
毗见杨素擅权，恐为国患，乃上封事曰：“臣闻臣无有作威作福，其害于而家，凶于而国。窃见左仆射越国公素，幸遇愈重，权势日隆，搢绅之徒，属其视听。忤旨者严霜夏零，阿旨者甘霖冬澍；荣枯由其唇吻，废兴候其指麾；所私皆非忠谠，所进咸是亲戚，后辈布列，兼州连县。天下无事，容息异图；四海有虞，必为祸始。夫奸臣擅命，有渐而来，王莽资之于积年，桓玄基之于易世，而卒殄汉祀，终倾晋祚。陛下若以素为阿衡，臣恐其心一定伊尹也。伏愿揆鉴古今，量为措置，俾洪基永固，率土幸甚！”书奏，上大怒，收毗系狱，亲诘之。毗极言“素擅宠弄权，将领之处，殛毙无道。又太子、蜀王罪废之日，百僚无不震竦，唯素扬眉奋肘，喜见容色，利国度有事觉得身幸。”上无以屈，乃释之。
太子问于贺若弼曰：“杨素、韩擒虎、史万岁皆称良将，其好坏何如？”弼曰：“杨素虎将，非谋将；韩擒虎斗将，非领将；史万岁骑将，非大将。”太子曰：“但是大将谁也？”弼拜曰：“唯殿下所择！”弼意自许也。
玄月，壬戌，置常平官。
交州俚帅李佛子反叛，据越王故城，遣其兄子大权据龙编城，其别帅李普鼎据乌延城。杨素荐瓜州刺史长安刘方有将帅之略，诏以方为交州道行军总管，统二十七营而进。方军令严厉，有犯必斩；然仁爱士卒，有疾病者亲临抚亲，士卒亦以此怀之。至都隆岭，遇贼，击破之。进军临佛子营，先谕以祸福。佛子惧，请降，送之长安。
仁寿三年癸亥，公元六零三年秋，八月，壬申，赐幽州总管燕荣死。荣性严格，鞭挞摆布，动至千数。尝见道次丛荆，觉得堪作杖，命取之，辄以试人。人或自陈无罪，荣曰：“后有罪，当免汝。”既而有犯，将杖之，人曰：“前日被杖，使君许以有罪宥之。”荣曰：“无罪尚尔，况有罪邪！”杖之自如。
蜀王秀至长安，上见之，不与语；明日，使使切让之。秀赔罪，太子诸王流涕庭谢。上曰：“顷者秦王糜费财物，我以父道训之。今秀蠹害生民，当以君道绳之。”因而付法律者。开府仪同三司庆整谏曰：“庶人勇既废，秦王已薨，陛下见子无多，何至如是！蜀王性甚廉洁，今被重责，恐不自全。”上大怒，欲断其舌，因谓群臣曰：“当斩秀于市以谢百姓。”乃令杨素等推治之。
始，毗为西宁州刺史，凡十一年，蛮夷酋长皆以金多者为豪隽，递相攻夺，略无宁岁，毗患之。后因诸酋长相帅以金遗毗，毗置金坐侧，对之恸哭，而谓之曰：“此物饥不成食，寒不裁缝，汝等以此相灭，不成胜数，今将此来，欲杀我邪！”一无所纳。因而蛮夷感悟，遂不相进犯。上闻而善之，征为大理卿，处法平允。