初，右仆射、中书令魏元忠以武三思擅权，意常愤郁。及太子重俊起兵，遇元忠子太仆少卿升于永安门，胁以自随，太子死，升为乱兵所杀。元忠扬言曰：“元恶已死，虽鼎镬何伤！但惜太子陨没耳！”上以其有功，且为高宗、武后所重，故释不问。兵部尚书宗楚客、太府卿纪处讷等共证元忠，云“与太子通谋，请夷其三族。”制不准。元忠惧，表请解官爵，以散秩还第。丙戌，上手敕听解仆射，以特进、齐公致仕，仍朝朔望。
上以岁旱谷贵，召太府卿纪处讷谋之。明日，武三思使知太史事迦叶志忠奏：“是夜，摄提入太微宫，至帝座，主大臣宴见纳忠于天子。”上觉得然，敕称处讷虔诚，彻于玄象，赐衣一袭，帛六十段。
初，右台大夫苏珦治太子重俊之党，囚有引相王者，珦密为之申理，上乃不问。自是安乐公主及兵部尚书宗楚客日夜谋谮相王，使侍御史冉祖雍等诬奏相王及承平公主，云“与重俊通谋，请收付制狱。”上召吏部侍郎兼御史中丞萧至忠，使鞫之。至忠泣曰：“陛下富有四海，不能容一弟一妹，而令人罗织害之乎！相王昔为皇嗣，固请于则天，以天下让陛下，累日不食，此海内所知。何仍旧祖雍一言而疑之！”上素和睦，遂寝其事。
是岁，上遣使者分道诣江、淮赎生。中书舍人屋子李又上疏谏曰：“江南村夫采捕为业，鱼鳖之利，黎元所资。虽云雨之私有沾于末类；而天生之惠未洽于平人。何则？江湖之饶，生养无穷，府库之用，支供易殚。费之若少，则所济何成！用之倘多，则常支有阙。在于拯物，岂若忧人！且鬻生之徒，唯利斯视，钱刀日至，网罟年滋，施之一朝，营之百倍。未若回救赎之钱物，减贫无之徭赋，活国爱人，其福胜彼。”
皇后以太子重俊非其所生，恶之；特进德静王武三思尤忌太子。上官婕妤以三思故，每下制敕，推尊武氏。安乐公主与驸马左卫将军武崇训常陵侮太子，或呼为奴。崇训又教公主言于上，请废太子，立己为皇太女。太子积不能平。
右补阙浚仪吴兢闻祖雍之谋，上疏，觉得：自文明以来，国之祚胤，不断如线，陛下龙兴，恩及九族，求之瘴海，升之阙庭。况相王同气嫡亲，六合无贰，而贼臣日夜连谋，乃欲陷之极法；祸乱之根，将由此始。夫任以权则虽疏必重，夺其势则虽亲必轻。自古委信异姓，猜忌骨肉，以覆国亡家者，多少人矣！况国度枝叶无几，陛下登极未久，而一子以弄兵受诛，一子以愆违远窜，惟馀一弟朝夕摆布，尺布斗粟之讥，不成不慎，《青蝇》之诗，良可畏也！
庚寅，敕改诸州复兴寺、观为龙兴，自今奏事不得言复兴。右补阙权若讷上疏，觉得：“天、地、日、月等字皆则天能事，贼臣敬晖等轻紊前规；今削之无益于淳化，存之有光于孝理。又，神龙元年制书，一事以上，并依贞观故事，岂可近舍母范，远尊祖德！”疏奏，手制褒美。
仲春，丙戌，上遣武攸暨、武三思诣乾陵祈雨。既而雨降，上喜，制复武氏崇恩庙及昊陵、顺陵，因名酆王庙曰褒德，陵曰荣先；又制崇恩庙斋郎取五品子充。太常博士杨孚曰：“太庙皆取七品已下子为斋郎，今崇恩庙取五品子，未知太庙当如何？”上命太庙亦准崇恩庙。孚曰：“以臣准君，犹为僣逆，况以君准臣乎！”上乃止。