帝以关中不决，而邓禹久不进兵，赐书责之曰：“司徒，尧也；亡贼，桀也。长安吏民遑遑无所依归，宜以时进讨，镇慰西京，系百姓之心。”禹犹执前意，别攻上郡诸县，更征兵引谷，归至大抵。积弩将军冯愔、车骑将军宗歆守栒邑，二人争权相攻，愔遂杀歆，因反击禹，禹遣使以闻。帝问令人：“愔所敬爱为谁？”对曰：“护军黄防。”帝度愔、防不能久和，必将相忤，因报禹曰：“缚冯愔者，必黄防也。”乃遣尚书宗广持节往降之。后月馀，防果执愔，将其众归咎。更始诸将王匡、胡殷、成丹等皆诣广降，广与东归；至安邑，道欲亡，广悉斩之。愔之叛也，引兵西向天水；隗嚣逆击，破之于高平，尽获其辎重。因而禹承制遣使持节命嚣为西州大将军，得独裁凉州、朔方事。
起高庙于洛阳，四时合祀高祖、太宗、世宗；建社稷于宗庙之右；立郊兆于城南。
刁子都为其部曲所杀，馀党与诸贼会檀乡，号檀乡贼，寇魏郡、清河。魏郡大吏李熊弟陆谋反城迎檀乡，或以告魏郡太守颍川铫期，期召问熊，熊叩首首服，愿与老母俱就死。期曰：“为吏傥不若为贼乐者，可归与老母往就陆也！”使吏送出城。熊行，求得陆，将诣邺城西门；陆不堪愧感，他杀以谢期。期嗟叹，以礼葬之，而还熊故职。因而郡中服其威望。帝遣吴汉率王梁等九将军击檀乡于邺东漳水上，大破之，十馀万众皆降。又使梁与大将军杜茂将兵安辑魏郡、清河、东郡，悉平诸营保，三郡平静，边路畅通。
庚辰，悉封诸功臣为列侯；梁侯邓禹、广平侯吴汉皆食四县。博士丁恭议曰：“古者封诸侯不过百里，强干弱枝，所觉得治也。今封四县，分歧法制。”帝曰：“古之亡国皆以无道，何尝闻功臣地多而灭亡者也。”阴乡侯阴识，朱紫之兄也，以军功当增封，识叩首让曰：“天下初定，将帅有功者众，臣托属掖廷，仍加爵邑，不成以示天下。此为亲戚受赏，国人计功也。”帝从之。帝令诸将各言所乐，皆占美县；河南太守颍川丁綿独求封本乡。或问其故，綿曰：“綿能薄功微，得乡亭厚矣！”帝从其志，封新安乡侯。帝使郎中魏郡冯勤典诸侯封事，勤差量功次轻重，国土远近，阵势丰薄，不相超越，莫不厌服焉。帝觉得能，尚书众事皆令总录之。故事：尚书郎以令史久次补之，帝始用孝廉为尚书郎。