军事委员会内设办公厅。1937年2月17日原主任朱培德病逝；3月6日徐永昌接任主任；1938年1月徐永昌调任军令部部长，贺耀组任主任；
抗日战役开端后不久，军事委员会委员长侍从室随gm当局由南京撤迁武汉。1938年夏在武汉会战前夕，又由武汉撤至重庆.
1938年1月将原大本营第六部、军事委员会政训处、练习总监部政训处归并建立为政治部；1月任命陈诚为部长，2月正式建立。同时任命周恩来、黄琪翔为副部长，是年7月黄琪翔调任军训部副部长，张厉生接任副部长。
部长何应钦为军事委员会当然委员．政务次长仍为曹浩森，常务次长陈诚.1938年1月陈诚调任政治部部长，张定璠接任常务
1938年初，gmd国防最高集会常务委员会第四十三次集会决定，将原大本营所设第一部与gm当局参谋本部归并构成为军令部。该部于2月1日正式建立，直隶军事委员会，掌国防扶植、处所绥靖及陆海空军之动员作战；火线勤务之筹划应用；谍报及国际政情之汇集清算；参谋职员、陆军大学、测量总局及驻外武官之统辖与应用等事项：以徐永昌为部长，熊斌、杨杰为次长.军令部下设总务落第1、第二3个厅：第一厅掌关于国防作战事件，辖4个处12个科；第二厅掌关于谍报与调派驻外武官及本国武官欢迎等事件，辖4个处12个科及技术室、窥伺电台；总务厅掌关于参谋人事教诲及总务章则等事件,辖3个处6个科。每厅设厅长、副厅长各1人。1938年3月28日任命刘斐为第一厅厅长，徐培根为第二厅厅长，陈焯为总务厅厅长。别的设有部下幕僚,由主任初级参谋、主任秘书及初级副官别离主管各有关停业，即初级参谋掌不属于各厅的秘密及考核章则等事件，部建立以后，任命张华甫为主任初级参谋，张元祜、刘云乾、杨宣诚等18报酬特级初级参谋；主任秘书掌拟各种文牍及部分会报等事件；初级副官掌欢迎中外来宾及传达首要号令等事件.旋因人事、经费无着，仍于2月间前后呈准设将级初级参谋18人，校级参谋40人.6月该部呈奉核定参谋3人，附员80人.
军事委员会对党政军实施同一批示：军政部由此时归军事委员会批示.1938年1月公布的《军事委员会构造纲领》规定，该部
1937年12月13日南京沦亡后．gm当局迁至武汉；1938年1月17日军事委员会又停止改组，将党政军分开。《修改军事