同月，百官再三请进燕公位，凡三辞，乃受，以燕公位代太子位行民主责，督十一州军政务。并请于天子，且复请归。
仲春，绍奔平原，犹败之。东奔乐安，再败之。
汉建安五年秋，七月廿三，太祖西征太长安，公卿请为大将军，不该。将复请，外戚城门校尉董承、左中郎将伏完、右中郎将王斌忧之，相约为乱，起兵攻武库不得，事败见诛。摆布复请杀王氏二子，并入宫措置董、伏二朱紫。太祖喟然对曰：“吾负汉室行数载至此，虽得善始，不能善终，已多愧矣，焉能为戋戋意不平复违臣节？”摆布虽应之，多不值也。
太祖屯于昌平，自挖水沟于西，复使王修执刑于南，常林分粮于北。陶谦为幽州刺史，驻广阳蓟县，闻太祖屯于近处，乃素衣斗笠行驴车出蓟，其自南往北，初见修，再见林。及营中吕范闻之，大礼往迎，言太祖在西，固请。谦不语，自转车往南，归蓟县。摆布疑而问之，谦乃叹曰：“王叔治宽严有度，常伯槐一丝不苟，吕子衡彬彬有礼，此三者，皆人杰也，何必复见其主，广阳事，当归公孙为之。”
汉建安五年三月，太祖欲震中原诸侯，又以邺下充足，起铜雀台，以正与重俱置于此。
太祖既覆袁绍，入济南，以界桥事不得已杀许攸一人，余者皆赦死，发陕州徒刑三载，青州民气遂安。俄而，复举高密郑玄为太常，建大学，行科考，建三长制，又开幽州民屯为户，并均田与之，复设屯田于冀、营、青、陕四州，摊口算于田赋，世称救民涂炭，海内称善。
同月，发吕范临淯水，破备军。备走鄾聚。
至玄月中，战愈酣，辅弼吕范宗子扶死于战中，太祖闻之不言。翌日，时仁天子未加冠，与诸近侍皆劳动于白马，一时皆充入官渡，摆布皆慑伏。
七月，豫州牧刘备使鲁肃谒太祖。
后汉光和末，张角兄弟领黄巾起，广阳黄巾三万众围涿城，太祖为涿郡守，见敌至城下立寨，乃引公孙越、刘备、关羽、牵招、张飞、魏越、娄圭、杨开，凡二十骑出城，透贼寨而还，贼不能伤也。及入城门中，众将自矜夸斩获不止，独太祖不言。待诸将噤声，太祖乃昂然曰：“既窥真假，已得破敌策也，五日贼当覆，且观之。”乃行疲敌之计，结果五日覆之，众乃佩服。
十月，太祖至军，即挫绍军。然后约决期，定于三日。期至，二者并众数十万，布阵交于田野。效春秋时之事，先行视师礼。视师礼毕，又行致师礼，乃使绍部文丑、幽州常山突骑别部司马赵云阵前斗，斗数十合，云胜，丑于羞愤下死。礼毕，战起，以太祖更多战事，得其机，大破之。绍绍弃其辎重及卒，仓促归邺。
蒲月，先破兖州黄巾贼卜已、梁仲宁、张伯众四万于苍亭，又破其众二万于东武阳，计获首自张伯以下万余级，降万余，赴河死者自卜已、梁仲宁以下，凡七千世人。东郡乃平。
同月，太祖以卫将军之官政，先处三辅碎务，抚民复稼穑；又收凉州部，平卓余部；再议功编军。并发《招贤令》，充分幕府。又以光禄大夫杨彪使豫州，以光禄大夫黄琬使荆、益，以长安城门校朱儁使交州，迁皇甫嵩为凉州刺史，天下遂安。
同月，操有战书予邺下，自称治军七十万，欲与太祖猎于白马。太祖观之，复曰：“以吾之众旅，投鞭于河，足断其流。”