光武以虐待功臣贵戚为名，赐以爵位田宅、高官厚禄，而摘除其军政大权。光武鉴于西汉前期三公权重、权益下移，虽设三公之位，而把统统行政大权归之于设在中朝由天子直接批示的尚书台。尚书台设尚书令一人，秩千石；尚书仆射一人，六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。以下设有丞、郎、令史等官，统统统统政令都由尚书台直接禀陈天子，由天子讯断。今后，“天下事皆上尚书，与人主参决，乃下三（公）府”；“虽置三公，事归台阁”，“三公之职，备员罢了”。但是到了东汉前期，有权势的大臣多加“录尚书事”的职衔，从而权益再度下移，尚书台又演变成权臣专政的东西。
光武鉴于西汉前期吏治废弛、官僚豪侈腐蚀的积弊，即位今后，重视清算吏治，躬行俭仆，嘉奖廉洁，提拔贤达觉得处所官吏；并对处所官吏严格要求，奖惩从严。因此颠末清算以后，宦海民风为之一变。故《后汉书・循吏传》有“表里匪懈，百姓宽息”之誉。
建武六年（公元30年），刘秀下诏令司隶州牧各实所部，省减吏员，县国不敷置长吏可归并者，上大司徒、大司空二府。因而“条奏并有四百余县，吏职省减，十置其一”。同时，拔除西汉时的处所兵制，撤消本地各郡的处所兵，裁撤郡都尉之职，也打消了郡内每年征兵练习时的都试，处所防务改由招募而来的职业军队担负。但是，到了东汉前期，州牧刺史逐步权重，兼有军政财大权，处所兵力又逐步鼓起。
刘秀完成了同一大业，规复了汉室的统治。因为比年交战，使光武帝对战役产生了讨厌之心，并且他也深知天下百姓久遭战祸，财物耗尽，天下承平是众心所向。是以，在陇中蜀地（今甘肃东西及四川部分地区）安定以后，光武帝决定努力于生长社会经济，安抚周边少数民族。为了稳固新建的东汉封建政权，光武汲取汗青的经历经验，前后采纳了一系列加强皇权和缓和阶层冲突的政策办法。