导出与百官商讨一番，还白元帝，百官承导意旨，当然不敢斥敦，但请元帝颁布赦书，并加王敦官爵，伤令退兵。元帝无可如何，只得下诏大赦，进王敦为丞相，都督中外诸军，录尚书事，封武昌郡公，领江州牧，使太常荀崧赍册诣敦，敦语荀崧道：“我此来不望升官，唯欲为国度除患，统统册封，我不肯受，烦卿缴还便了。”实是无君，非特伪让罢了。崧申劝数语，敦终不听，乃辞归复命。敦又调集百官，议废太子，呼中庶子温峤至前，厉声诘问道：“太子有何德望？卿侍东宫，理应深知。前人有言：‘事父母几谏。’主上有过，不闻太子谏阻，莫非尚得称孝么？”峤安闲答道：“钩深致远，非肤见所能窥，据峤看来，太籽实是贤孝，就是公来辇下，亦未闻东宫抗议，贻误国度，怎见他不从中几谏哩？”大众亦随声拥戴，齐称太子有道，说得敦无可回嘴，不得不自发自收，含混畴昔。百官乃复还朝。
却说刁协走死，刘隗奔今后赵。王敦并非不闻，本来君侧已清，理应入朝赔罪，出兵还镇，但敦是个蜂目豺声的忍人，既已起事，怎肯就此罢休？当下据住石头，按兵不朝，明显是勒迫元帝，志在横行。元帝没法抵抗，只得令公卿百官，统往石头，劝令罢兵。敦盛气相见，不待百官开口，便先问戴渊道：“前日交兵，君另不足力否？”渊听了此语，悄悄吃惊，勉强接口道：“怎敢不足，但苦不敷。”敦又问道：“我今为此事，天下觉得何如？”渊答道：“但论形迹，未免指公为逆，若体诚恳，应当谅公为忠。”模棱语恐不敷欺奸。敦嘲笑道：“卿也好算是能言了。”又顾周顗道：“伯仁！汝未免负我。”顗抗声道：“公发兵犯顺，下官亲率六军，不能失职，终致王师挫败，这原是有负公心呢。”敦被顗挖苦，倒也无词可答，但召入王导，屏人与语道：“老弟不消我言，几乎儿灭族了。”导答道：“兄亦太觉孟浪，本日幸运得志，还是祖宗的庇荫，得休便休，幸勿过分。”敦掀髯道：“弟为何这般怯懦？刁刘余党，尚列朝廷，还须撤除数人。且主子由我等推戴，怎得疑忌我家？就使主位不移，也当有一番鼎新，方免后忧。”导又道：“但教朝廷悔祸，不再加忌，我兄弟长得安然，也好趁此干休了。”可见导当时心术。敦尚是摇首，导乃退出。本来元帝即位时，敦忌帝年长，意欲另立幼君，以便专政，独导不肯依敦，以是敦有此如此。
敦复召谢鲲入问道：“克日都下人士，有无贰言？”鲲回声道：“物议悠悠，原不敷计，但公尝谓朝臣重望，莫如周戴，诚使大用二人，群情天然服帖了。”敦起火道：“君真细致，不达时势，二人怎可大用？我已遣人收捕了。”鲲不由骇愕，再欲进言，旁有参军王峤，向敦谏阻道：“济济多士，文王以宁，想公定知此语，何如捕戮名流？”敦怒上加怒，竟欲杀峤。鲲亟进谏道：“公举大事，不妄戮一人。峤不过纳言忤意，便欲把他衅鼓，也未免过火了。”敦乃释峤不诛，惟黜峤为领军长史。周顗被收，道经太庙，向庙大喊道：“贼臣王敦，颠覆社稷，枉杀忠臣，神祗有灵，应速诛殛，毋使漏网。”说至此，被兵士用戟刺口，血流至踵，仍不改形。道旁行人，俱为流涕。至石头城南门外，正值戴渊亦被绑前来，渊已面无人色，顗仍容止自如，引颈就刑。顗被害后，渊首亦相随落地。同是一死，勇怯差异，泰山鸿毛，以是有别。
元帝召周顗入见，蹙然与语道：“克日大事，二宫无恙，诸人安然，大将军果得副民望么？”顗答道：“二宫原如明谕，臣等存亡，尚未可知。”元帝不由长叹。顗退至朝堂，护军长史郝嘏等，与顗相遇，都劝顗暂避凶锋。顗奋袂道：“我备位大臣，坐睹朝廷丧败，已足增羞，岂尚可草间求活，外投胡越么？”郝嘏等乃不便再劝，各感喟而去。公然不到数天，即致发作，首恶是王敦参军吕猗，从恶是王敦堂弟王导。书法严刻。吕猗尝为台郎，性好阿谀，为周顗戴渊所嫉，此时出为敦助，竟趁机白敦道：“顗与渊俱负重名，本日不除，必为公患。”敦本忌二人才望，一闻猗言，遂起杀心。适值王导复入，便参谋道：“周戴望重南北，果应登列三司否？”导沉默不答。敦又道：“若不该列三司，止可使为令仆么？”导又不答。敦复张目道：“既不该列三司，又不该为令仆，看来只好杀却了。”导仍然不答。三问三不答，不过不满周戴。敦即遣部将邓岳，率兵往捕周顗戴渊。