蒲月，倭寇进犯朝鲜，攻陷王京，朝鲜王李日公逃往义州求救。
当年，施助江北、湖广、河南、浙江、山东饥荒。河南矿贼大起。乌斯藏前来朝贡。
仲春初七，施助广西饥荒。
八月二十八日，施助山西灾害。二十九日，施助淮、扬、徐水患。
秋八月十六日，扬州大水。
夏四月月朔，祭奠太庙。而后，庙中祭奠都遣人代替。
秋八月二十七日，严申匿名揭禁令。
秋七月初二，吏部尚书孙丕扬要求批推举补缺官员的奏章，未予答复。十三日，仁圣皇太后驾崩。二旬日，开端调派中官在畿内开矿。不久，河南、山东、山西、浙江、陕西之矿皆获准开采，以中官统领。群臣多次进谏，皆未听取。
闰三月十二日，朱翊钧以呈现彗星为由，命群臣修身检验。十四日，责备给事中、御史擅进调侃天子之言，罚减其官俸一年。
八月初五，朱翊钧以灾异频繁为由，命表里诸臣修举实政。
秋八月初八，黄河又在崔镇决口。闰八月月朔，日蚀，因阴云而未见。
秋七月，黄河在徐州决口。
冬十一月初四，朱翊钧诏令诸司订立章程限定文书上报时候，以防提早缓慢。
玄月初十，许国去官。十二日，申时行去官。十五日，吏部侍郎赵志皋担负礼部尚书，原礼部侍郎张位担负吏部侍郎，一同兼任东阁大学士，参与秘密事件。
秋七月十六日，免除陕西拖欠赋税。十七日，副总兵祖成训率兵援救朝鲜，在平壤与倭寇交兵，败北。二十七日，夺职三边总督魏学曾，以叶兰梦取而代之，不久拘系魏学曾，打进监狱。
仲春初九，祭奠大社大稷。十二日，诏令南京职务应精简为好，官吏不得虚占其位以充数。二十七日，开端命日讲官别离记注起居，纂辑章奏，临朝值班。
六月初八，京师生地动。十二日，因灾害而停止和减少苏、杭织造。
八月初三，朱翊钧以频蕃殖灾害为由，命各抚、按官员力惩赃官，清理冤案，减免赋税，施助抚恤百姓。
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蒲月，大清太祖高天子起兵挞伐尼堪外兰，霸占图伦城。
仲春初九，施助四川被贼寇扰乱诸县。
■万历二十二年(1594)春正月二旬日，朱翊钧诏示天下：各省灾害频繁，尤以山东、河南、徐、淮为甚，盗贼四起，官吏玩忽职守，朝廷诏令不可，自今今后，要以安民除盗之政绩来决定夺职和升迁抚按官员。
玄月月朔，朱翊钧因得皇宗子而颁诏大赦天下。初九，上两宫皇太后徽号。
这一年有安南、乌斯藏入朝进贡。
秋七月初六，朱翊钧诏谕吏、户二部清理吏治，并别离免除所欠赋税，折非常之三成收取来岁漕运粮。十一日，又调派御史督修江、浙水利。十三日，兴建泗州祖陵。二旬日，完成草湾黄河工程。
夏蒲月十九日，祭奠地于北郊。
■万历十八年(159o)春正月月朔，朱翊钧召见大学士申时行等人于毓德宫，并引皇宗子前来相见。
■万历十九年(1591)春正月，缅甸攻占永昌、腾越。
十仲春初三，大学士赵志皋等人要求批留在宫禁中的奏章，未得答复。
秋七月月朔，诏谕救济朝鲜的各边镇军队返回。初三，呈现彗星，命群臣修身检验。
这一年，有乌斯藏前来朝贡。
■万历二十年(1592)春正月二十六日，给事中孟养浩建议立太子，被施杖刑于阙下，并被削除官籍。
冬十月初十，施助临洮蒙受战乱的军队和百姓。
八月初五，免除河南受灾处所的田租。