要说忍者的黄金光阴，还当数战国期间。忍者的品级轨制、练习内容、根基标准都肯定于这一期间。日本战国期间与中国的战国期间一样，到处充满了诡计与殛毙、残暴与叛变。为了相互排挤、争权夺利，各大名们常常互派忍者停止监督与渗入。忍者所具有的特别才气在这个期间有了广漠的用武之地。
俗话说，入他乡，随其俗，传入日本的“刺客”改名为“忍”，因其履行任务需意志固执且甘于孤单、心性哑忍而得名。但这也只就凡是称呼而言，在分歧的处所其称呼也有分歧。到了公元710年，“忍”被称作“标兵”，战国期间，叫法虽多，但以武田信玄定名的“乱波”最广为传播。“忍者”作为正式称呼牢固下来是在德川家康建立幕府今后。江户期间，战乱停歇，国度归于一统，以刺探军事谍报以及对敌方领袖展开暗害的忍者趋于式微。
在品级轨制上，从战国期间开端，忍者因其才气与实际感化的分歧，被分为上忍、中忍、下忍。上忍专门卖力对所履行任务的团体打算，中忍则对实施步调停止兼顾与批示，而下忍就是详细履行者。上忍、中忍、下忍之间品级清楚，稍有不顺，便会招来杀身之祸，这也直接强化了忍者“忍”的特性。
伊贺与甲贺固然门派分歧，各有附属，但是这两大忍者流派为忍者根基标准的奠定都作出了庞大的进献。1676年，忍者藤林保武参照《六韬》和《孙子兵法》的内容，连络伊贺与甲贺的思惟精华，写成了忍者书《万川集海》。
肢体均衡是从走竹竿开端，颠末一段时候的练习，从竹竿转至滚木上，要求不滑倒，还要高低行动自如，翻滚跳扎，如履高山。具有如许的均衡才气后，才气在屋顶、墙头及树木上行走如飞。要练习出活络的形体，需从小练起。最常利用的练习体例就是在各种停滞物之间快速跑动，身法稍有不灵或反应略有不敏，就会被停滞物伤到。体能的练习首要以短跑的情势停止，传闻，达到上忍品级的忍者，每日可跑150多里。忍者的打击技能除了纯粹正面打击所需的剑术、箭术、马术、柔术及投镖以外，隐遁之术也是非常首要的构成部分。隐遁之术也就是逃脱之术，在行动呈现始料未及的环境下，忍者便依托各种独门秘术一纵即逝。
作为深受中汉文明影响的国度，日本忍者也是自中土东渡而来。它最早的原型是中国古时的刺客。这些刺客都归属于必然的构造，受雇履行杀人任务。为了美满完成任务，刺客常常需求把握各种技能，包含利用暗器、攀爬窃听、扮装易容等等。刺客在春秋战国期间鼓起，因政治或其他启事替主家或某国国君撤除心头之患，在这一过程中也兼刺探谍报，专诸、聂政、荆轲等在《史记・刺客传记》中提及的这类人物便是典范代表。
相对于伊贺派最后的“自在之身”，甲贺派则非常自发地寻觅着本身的背景，先是六角氏，后为细川氏，再后依从于织田信长。依托其权势，甲贺派得以迅猛生长，本能寺之变后，甲贺派产生分裂，敏捷式微，至江户期间中期，几近销声匿迹。