建武十七年辛丑，公元四一年春，正月，赵孝公良薨。初，怀县大姓李子春二孙杀人，怀令赵熹穷治其奸，二孙他杀，收系子春。京师贵戚为请者数十，熹终不听。及良病，上临视之，问所欲言，良曰：“素与李子春厚，今犯法，怀令赵熹欲杀之，愿乞其命。”帝曰：“吏奉法律，不成枉也。更道它所欲。”良无复言。既薨，上追思良，乃贳出子春。迁熹为平原太守。仲春，乙未晦，日有食之。
卢芳自昌平还，内自疑惧，遂复反，与闵堪相攻连月，匈奴遣数百骑迎芳出塞。芳留匈奴中十馀年，病死。
甲申，帝幸章陵，修园庙，祠旧宅，观田庐，置酒作乐，犒赏。时宗室诸母因酣悦相与语曰：“文叔少时谨信，与人不款曲，唯直柔耳，今乃能如此！”帝闻之，大笑曰：“吾治天下，亦欲以柔道行之。”十仲春，还自章陵。
是岁，罢州牧，置刺史。
夏，四月，甲戌，车驾还宫。
袁弘论曰：夫建太子，以是重宗统，一民气也，非有大恶于天下，不成移也。世祖复兴汉业，宜遵正道觉得后法。今太子之德未亏于外，内宠既多，嫡子迁位，可谓失矣。然东海归藩，谦恭之心弥亮；明帝承统，友于之情愈笃。虽长幼易位，荣枯分歧，父子兄弟，至性无间。夫以三代之道处之，亦何故过乎！
马援斩征侧、征贰。
卢芳入朝，南及昌平，有诏止，令更朝明岁。
冬，十一月，甲戌，大司徒歙坐前为汝南太守，度田不实，赃罪千馀万，下狱。歙世授《尚书》，八世为博士，诸生守阙为歙求哀者千馀人，至有自髡剔者。平原礼震年十七，求代歙死。帝竟不赦，歙死狱中。
马援缘海而进，随山刊道千馀里，至浪泊上，与征侧等战，大破之，追至禁豨，贼遂散走。
十仲春，庚午，以关内侯戴涉为大司徒。卢芳自匈奴复入居高柳。是岁，骠骑大将军杜茂坐使军吏杀人，免。使扬武将军马成代茂，缮治障塞，十里一候，以备匈奴。使骑都尉张堪领杜茂营，击破匈奴于高柳。拜堪渔阳太守。堪视事八年，匈奴不敢犯塞，劝民耕稼，乃至殷富。百姓歌曰：“桑无附枝，麦穗两歧。张君为政，乐不成支！”
妖贼李广攻没皖城，遣虎贲中郎将马援、骠骑将军段志讨之。秋，玄月，破皖城，斩李广。
马援奏宜如旧铸五铢钱，上从之；天下赖其便。
卢芳与闵堪使使请降，帝立芳为代王，堪为代相，赐缯二万匹，因使和集匈奴。芳上疏谢，自陈思望阙庭；诏报芳朝来岁正月。初，匈奴闻汉购求芳，贪得财帛，故遣芳还降。既而芳以自归为功，不称匈奴所遣，单于复耻言其计，故赏遂不可。由是大恨，犯境尤深。
闰月，戊申，进赵、齐、鲁三公爵皆为王。
郭后既废，太子彊意不自安。郅惲说太子曰：“久处疑位，上违孝道，下近危殆，不如辞位以奉侍母氏。”太子从之，数因摆布及诸王陈其恳诚，愿备藩国。上不忍，迟回者数岁。六月，戊申，诏曰：“春秋》之义，立子以贵。东海王阳，皇后之子，宜承大统。皇太子彊，崇执谦退，愿备藩国，父子之情，重久违之。其以彊为东海王，立阳为皇太子，改名庄。”
五宫中郎将线纯与太仆朱浮奏议：“礼，为人子，事大宗，降其私亲。当除今亲庙四，以先帝四庙代之。”大司徒涉等奏“立元、成、哀、平四庙。”上自以昭穆次第，当为元帝后。
建武十六年庚子，公元四零年春，仲春，征侧与其妹征贰反，九真、日南、合浦蛮俚皆应之，凡略六十五城，自主为王，都麊泠。交趾刺史及诸太守仅得自守。