夏，蒲月，高密元侯邓禹薨。
甲子，立朱紫马氏为皇后，皇子炟为太子。后，援之女也，光武时，以选入太子宫，能阿谀阴后，傍接同列，礼则修备，高低安之，遂见宠异；及帝即位，为朱紫。时后前母姊女贾氏亦以选入，生皇子炟。帝今后无子，命养之，谓曰：“人一定当自生子，但患爱养不至耳！”后因而经心抚养，劳悴过于所生。太子亦孝性淳笃，母子慈爱，始终无纤介之间。后常以皇嗣未广，荐达摆布，若恐不及。后宫有进见者，每加慰纳；若数所宠引，辄加隆遇。及有司奏立长秋宫，帝未有所言，皇太后曰：“马朱紫德冠后宫，即其人也。”后既正位宫闱，愈自谦肃，好读书。常衣大练，裙不加缘；朔望诸姬主朝请，瞥见后袍衣疏粗，觉得绮縠，就视，乃笑。后曰：“此缯特宜染色，故用之耳。”群臣奏事有难平者，帝数以试后，后辄分化趣理，各得其情，然何尝以家私干政事。帝由是宠敬，始终无衰焉。
永平元年戊午，公元五八年春，正月，帝率公卿已下朝于原陵，如元会仪。乘舆拜神坐，退，坐东厢；侍卫官皆在神坐后，太官上食，太常吹打；郡国上计吏以次前，当神轩占其郡谷价及民所痛苦。是后遂觉得常。
夏，四月，丙辰，诏曰：“方今上无天子，下无方伯，若涉渊水而无舟楫。夫万乘至重而壮者虑轻，实赖有德摆布小子。高密侯禹，元功之首；东平王苍，宽博有谋。有以禹为太傅，苍为骠骑将军。”苍恳辞，帝不准。又诏骠骑将军置长史、掾史员四十人，位在三公上。苍尝荐西曹掾齐国吴良，帝曰：“荐贤助国，宰相之职也。萧何举韩信，设坛而拜，不复测验，今以良为议郎。”
永平三年庚申，公元六零年春，仲春，甲寅，太尉赵、司徒李詃免。
莎车王贤以兵威胁夺于竗、大宛、妫塞王国，使其将守之。于竗人杀其将君德，立大人休莫霸为王。贤率诸国兵数万击之，大为休莫霸所败，脱身走还。休莫霸进围莎车，中流矢死，于竗人复立其兄子广德为王，广德使其弟仁攻贤。广德父先拘在莎车，贤乃归其父，以女妻之，与之和亲。
新阳侯阴就子丰尚郦邑公主。公主骄妒，丰杀之，被诛，父母皆他杀。
己未，以南阳太守虞延为太尉。
帝大起北宫。时天旱，尚书仆射会稽钟离意诣阙，免冠，上疏曰：“昔成汤遭旱，以六事自责曰：‘政不节邪？使民疾邪？宫室荣邪？女谒盛邪？苞苴行邪？谗夫昌邪？’窃见北宫高文，民失农时；自古非苦宫室小狭，但患民不安宁，宜且罢止，以应天心。”帝策诏报曰：“汤引六事，咎在一人，其冠、履，勿谢！”又敕大匠止作诸宫，减省不急。诏因谢公卿百僚，遂庆时澍雨。意荐全椒长刘平，诏征拜议郎。平在全椒，政有恩德，民或增赀就赋，或减年从役。刺史、太守行部，狱无系囚，人自以得所，不知所问，唯班圣旨而去。帝性褊察，好以耳目隐发为明，公卿大臣数被诽谤，近臣尚书以下至见提曳。常以事怒郎药崧，以杖撞之；崧走入床下，帝怒甚，疾言曰：“郎出！”崧乃曰：“天子穆穆，诸侯皇皇，未闻人君，自起撞郎。”帝乃赦之。是时朝廷莫不悚慄，争为严切以避诛责，唯锺离意独敢谏争，数封还圣旨，臣下不对，辄救解之。会连有变异，上疏曰：“陛下畏敬鬼神，忧恤黎元，而气候未和，寒暑违节者，咎在群臣不能宣化治职，而以刻薄为俗，百官无相亲之心，吏民无雍雍之志，至于感逆和蔼，乃至天灾。百姓能够德胜，难以力服，《鹿鸣》之诗必言宴乐者，以人神之心洽，然后气候和也。愿陛下垂圣德，缓科罚，顺时气以调阴阳。”帝虽不能用，然知其至诚，终爱厚之。