秋，七月，己巳，司空韩棱薨。八月，丙子，以太常太山巢堪为司空。
阴皇后多妒忌，宠遇浸衰，数怀恚恨。后外祖母邓朱，出入宫掖，有言后与朱共挟巫蛊道者；帝使中常侍张慎与尚书陈褒案之，劾以大逆无道，朱二子奉、毅，后弟辅皆考死狱中。六月，辛卯，后坐废，迁于桐宫，以忧死。父特进纲他杀，后弟轶、敞及朱家眷徙日南比景。
帝因朝会，召见诸儒，使中大夫鲁丕与侍中贾逵、尚书令黄香等相难数事，帝善丕说，罢朝，特赐衣冠。丕因上疏曰：“臣闻说经者，传先师之言，非从己出，不得相让；相让则道不明，若端方衡量之不成枉也。难者必明其据，说者务立其义，浮华无用之言，不陈于前，故精思不劳而道术愈章。法异者各令自说师法，博观其义，无令刍荛以言获咎，幽远独占丢失也。”
元兴元年乙巳，公元一零五年春，高句骊王宫入辽东塞，寇略六县。夏，四月，庚午，赦天下，改元。
西域都护定远侯班超遣掾甘英使大秦、条支，穷西海，皆宿世所不至，莫不备其风土，传其珍怪焉。及安眠西界，临大海，欲度，船人谓英曰：“海水泛博，来往者逢善风，三月乃得度，若遇迟风，亦有二岁者。故入海，人皆赍三岁粮。海中善令人思土恋慕，数有灭亡者。”英乃止。
丁酉，司空巢堪罢。
冬，十一月，丙辰，诏曰：“幽、并、凉州户口率少，边役众剧，束脩良吏进仕路狭。抚接蛮夷，以报酬本，其令缘边郡口十万以上，岁举孝廉一人，不满十万，二岁举一人，五万以下，三岁举一人。”鲜卑寇右北平，遂入渔阳，渔阳太守击破之。
清河王庆始敢求上母宋朱紫冢，帝许之，诏太官四时给祭具。庆垂涕曰：“生虽不获扶养，终得奉祭奠，私愿足矣！”欲求作祠堂，恐有自同恭怀梁后之嫌，遂不敢言，常泣向摆布，觉得没齿之恨。后上言：“外祖母王大哥，乞诣雒阳疗疾。”因而诏宋氏悉归京师，除庆舅衍、俊、盖、暹等皆为郎。
秋，七月，辛亥朔，日有食之。
戊寅，梁节王畅薨。初，居巢侯刘般薨，子恺当嗣，称父遗意，让其弟宪，遁逃久之，有司奏请绝恺国。肃宗美其义，特优假之，凯犹不出。积十馀岁，有司复奏之，侍中贾逵上书曰：“孔子称‘能以谦逊为国乎何有’。有司不原乐善之心，而绳以循常之法，惧非长克让之风，成含弘之化也。”帝纳之，下诏曰：“国法崇善，成人之美，其听宪嗣爵。遭事之宜，后不得觉得比。”乃征恺，拜为郎。
南单于师子死，单于长之子檀立，为万氏尸逐韑单于。
行征西将军刘尚、越骑校尉赵世坐畏懦征，下狱，免。谒者王信领尚或屯枹罕，谒者耿谭领世营屯白石。谭乃设购赏，诸种颇来内附，迷唐恐，乃请降；信、谭遂受降罢兵。十仲春，迷唐等率种人诣阙进献。
永元十二年庚子，公元一零零年夏，四月，戊辰，秭归山崩。
班超久在绝域，大哥思土，上书乞归曰：“臣不敢望到酒泉郡，但愿生入玉门关。谨遣子勇随安眠献物入塞，及臣生在，令勇目见中土。”朝廷久之未报，超妹曹大师上书曰：“蛮夷之性，悖逆侮老；而超旦暮上天，久不见代，恐开奸宄之源，生逆乱之心。而卿大夫咸怀统统，莫肯远虑，如有卒暴，超之力量不能从心，便为上损国度累世之功，下弃忠臣极力之用，诚可痛也！故超万里归诚，自陈苦急，延颈逾望，三年于今，未蒙省录。妾窃闻古者十五受兵，六十还之，亦有歇息，不任职也。故妾敢触死为超求哀，匄超馀年，一得生还，复见阙庭，使国度无劳远之虑，西域无匆急之忧，超得长蒙文王葬骨之恩，子方哀老之惠。”帝感其言，乃征超还。八月，超至洛阳，拜为射声校尉；玄月，卒。超之被征，以戊己校尉任尚代为都护。尚谓超曰：“君侯在本国三十馀年，而小人猥承君后，任重虑浅，宜有以诲之！”超曰：“大哥失智。君数当大位，岂班超所能及哉！必不得已，愿进愚言：塞外吏士，本非孝子顺孙，皆以罪恶徙补边屯；而蛮夷怀鸟兽之心，难养易败。今君性严急，水清无大鱼，察政不得下和，宜荡佚简易，宽小过，总纲领罢了。”超去，尚私谓所亲曰：“我以班君当有奇策，今所言，平平耳。”尚后竟失边和，如超所言。