东土遭孙恩之乱，因以饥荒，漕运不继。桓玄禁断江路，商旅俱绝，公私匮乏，以粰、橡给士卒。玄谓朝廷方多忧虞，必未暇讨己，能够蓄力观衅。及雄师将发，从兄太傅长史石生密以书报之。玄大惊，欲完聚保江陵。长史卞范之曰：“明公英威振于远近，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若兵邻近畿，示以祸福，土崩之势可翘足而待，何有延敌出境，自取穷蹙者乎！”玄从之，留桓伟守江陵，抗表传檄，罪行元显，举兵东下。檄至，元显大惧。仲春，丙午，帝饯元显于西池，元显下船而不发。
玄自谓有晋国三分之二，数令人上己符瑞，欲以惑众；又致笺于会稽霸道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔国宝身后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠。今之贵要腹心，偶然流清望者谁乎？岂可云无佳胜！直是不能信之耳！尔来一朝一夕，遂成本日之祸。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在远，是以披写究竟。”元显见之，大惧。
吕超攻姜纪，不克，遂攻焦朗。朗遣其弟子嵩为质于河西王利鹿孤以请迎，利鹿孤遣车骑将军傉檀赴之。比至，超已退，朗闭门拒之。何檀怒，将攻之，镇北将军俱延谏曰：“安土重迁，人之常情。朗孤城无食，本年不降，后年自服，何必多杀士卒以攻之！若其不捷，彼必去从他国。弃州境士民以资邻敌，非计也；不如以善言谕之。”檀乃与朗连和，遂曜兵姑臧，壁于胡阬。
傉檀知吕超必来斫营，畜火以待之。超夜遣中壘将军王集帅精兵二千斫傉檀营，傉檀徐严不起。集入垒中，表里皆举火，光照如昼；纵兵击之，斩集及甲首三百馀级。吕隆惧，伪与檀通好，请于苑内缔盟，傉檀遣俱延入盟，俱延疑其有伏，毁苑墙而入。超伏兵击之，俱延失马步走，凌江将军郭祖力战拒之，俱延乃得免。傉檀怒，攻其昌松太守孟礻韦于显美。隆遣广武将军荀安国、宁远将军石可帅骑五百救之。安国等惮傉檀之强，遁还。
癸丑，魏常山王遵等至高平，没弈干弃其部众，帅数千骑与刘勃勃奔秦州。魏军追至瓦亭，不及而还，尽获其府库积蓄，马四万馀匹，杂畜九万馀口，徙其民于代都，馀种分迸。平阳太守贰尘复侵秦河东，长安大震，关中诸城昼闭，秦人简兵训卒以谋伐魏。
丁卯，玄至姑孰，使共将冯该等攻历阳，襄城太守司马休之婴城恪守。玄军断洞浦，焚豫州舟舰。豫州刺史谯王尚之帅步兵九千阵于浦上，遣武都太守杨秋屯横江，秋降于玄军。尚之众溃，逃于涂中，玄捕获之。司马休之出战而败，弃城走。
秦王兴立子泓为太子，大赦。泓孝友宽和，喜文学，善谈咏，而脆弱多病。兴欲觉得嗣，而猜疑不决，久乃立之。
元显欲尽诛诸桓。中护军桓修，骠骑长史王诞之甥也，诞有宠于元显，因陈修等与玄志趣分歧，元显乃止。诞，导之曾孙也。
桓玄表其兄伟为江州刺史，镇夏口；司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇襄阳；遣其将皇甫敷、冯该戍湓口。移沮、漳蛮二千户于江南，立武宁郡；更调集流民，立绥安郡。诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。
元兴元年壬寅，公元四零二年春，正月，庚午朔，下诏罪行桓玄，以尚书令元显为骠骑大将军、征讨多数督、都督十八州诸军事，加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，表里戒严；加会稽霸道子太傅。